由于普通饮水机不含抑制细菌功能，使得灰尘病菌可以通过水、气交换，造成对饮水机的污染。据测定，长期使用的饮水机含细菌高达500个/ml，甚至更高。因此，为了保证卫生，饮水机最好每隔两个月就要清洗一次。

清洗饮水机前，应先切断机器电源，根据消毒剂的使用方法配置好待用；开启水龙头，放尽胆中冷水；再拆下饮水机的聪明座，使冷水胆暴露在外；拿干净的软布在饮用水中浸湿挤干后，擦去水胆中的沉淀物，擦净聪明座内部；盖好聪明座，将水桶按上；开启热水龙头，待有水流出后关闭；再取下水桶，将加入消毒剂的瓶子插入聪明座；开启热水龙头，放出适量的水，使消毒剂全部流入机内；5分钟后，拔出空瓶，打开热水龙头将水放完；再隔10分钟，打开冷水龙头将水放完；然后旋开机器背后的放水阀，将内部含有消毒剂的水全部放出，最后旋紧水阀。此时，饮水机内部的消毒过程全部完成。