2017年9月7日，据中时电子报消息，台湾地区“农委会”，“食安办”，“卫福部”7日下午召开氟虫腈事件专家会议，讨论鸡蛋，鸡肉是否订氟虫腈残留标准，最后决定2018年起先调查台湾本土的芬普尼背景值，以及动物是否可能从饲料中摄入，2019年再决定是否订标准。

“农委会”副主委陈吉仲则在会中提出，拟由“农委会”一手承担农产品的食安问题，不再与“卫福部”分工。陈吉仲表示，现在农产品上市前由农委会管理，上市后则交由卫福部，以后“农委会”组改后成为“农业部”，将新增设立“安全司”，可以考虑针对农产品管理一条龙，不要再分成上市前或上市后，“卫福部”可以专心管理其他食品，“农委会”则管好农产及其加工品，避免造成困扰。

陈吉仲指出，不过人体风险的评估绝对还是“卫福部”职责，农产品管理一条龙的制度会让管理上更有效，假如鸡肉有问题，从畜牧场端到市场端，通通都由“农委会”负责，以后农产品有问题就是找农业部，再来跨部会之间可以讨论此议题。

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