2011年3月发生的日本地震和海啸以及因核电站受损带来的放射性污染给食用菌产业以严重的影响，日本食用菌产业陷入困境。
食用菌生产商和日本东北的食用菌加工厂遭受到地震和长期的余震，造成食用菌生产及加工设备厂房等设施遭到近乎毁灭的破坏。根据京都真菌研究所和日本食用菌科学生物技术研究协会调查显示日本宫城县，岩手，福岛和茨城县的损害尤其严重。
日本东北部的食用菌农场，许多种植者遭受损害，由于日本食用菌栽培普遍采用工厂化操作，货架上的食用菌种植和孵化室的堆叠瓶几乎全部受损。日本饭山，北部长野县，新滹（日本本州岛中北岸港市）的灰树花或金针菇受到影响很大，特别是北部长野县的bunashimeji厂家几乎全部被毁。短时间内很难恢复到原来的生产水平。
由于电厂的关闭，日本的北部和中部等大范围的停电，几乎依赖机械化生产的食用菌的混合，灌装，灭菌和接种的这些程序也将延迟。因此，生产量将减少，直到电源完全恢复。
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